我签署了三方就业协议，协议中有违约金。现在

是否应支付违约金需视具体情况而定。依据《中华人民共和国劳动合同法》，若协议中约定了服务期且你违反，应支付违约金，但数额有限制。不及时处理可能导致法律纠纷及额外经济损失。
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应否支付看情况。操作如下：1.检查协议是否属于法定可约定违约金情形；2.若属于，评估违约金数额是否合理；3.与单位协商，争取减免或降低；4.若协商无果，准备证据，考虑法律途径解决。
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处理此问题常见方式有协商、调解、仲裁或诉讼。应先尝试与单位协商，若不成可考虑调解或向劳动仲裁委员会申请仲裁，最后才考虑诉讼。选择时应考虑效率与成本。