每天上班但多次未打卡被扣1000多工资，这合法吗

不合法。公司仅因未打卡扣1000多工资不合理，依据《劳动法》，公司应合理制定考勤扣罚制度。未合理扣罚工资可能引发劳动争议，劳动者可申请仲裁，不服还可提起诉讼。
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分情况处理。1.若公司制度未明确打卡扣罚，可提出质疑并要求合理解释。2.若沟通无果，公司坚持扣罚，应收集证据，如工资条、考勤记录。3.向劳动仲裁委员会提起仲裁申请，附上证据，要求公正裁决。
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常见处理方式为与公司沟通、申请劳动仲裁。首先应尝试与公司沟通解决，若无果则考虑向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自身权益。